单细胞测序技术进展及应用_易科学的直播间

主讲人：侯睿 博士

伯豪生物副总经理，毕业于中国海洋大学遗传学专业，参与多项国家“863”计划项目和国家自然科学基金项目，发表SCI论文8篇。

主讲人：侯睿博士

主讲人介绍：伯豪生物副总经理，毕业于中国海洋大学遗传学专业，参与多项国家“863”计划项目和国家自然科学基金项目，发表SCI论文8篇。

单细胞测序技术自2009年问世，2013年被Nature Methods评为年度技术以来，越来越多地被应用在科研领域。

3月12日19:00，易科学特别邀请了 侯睿博士 为大家带来升阶版单细胞测序技术系列课三连讲之第一讲—— 单细胞测序技术进展及应用

快准备好小板凳，来听课吧！

课程简介

第一讲单细胞测序技术进展及应用

时间——2020.3.12 19:00

亮点——

(1) 单细胞测序技术的发展/技术平台

(2) 单细胞测序的热点应用方向及案例解读免疫研究；生长发育；神经科学；器官图谱构建；肿瘤异质性；病毒感染研究。

(3) 单细胞测序的样本要求

(4) 单细胞测序数据分析要点

(5) 最新发布前沿技术进展单细胞研究升级应用之联合转录组测序研究

主讲嘉宾——侯睿，博士，伯豪生物副总经理

侯睿博士毕业于中国海洋大学遗传学专业，曾参与多项国家“863”计划项目和国家自然科学基金项目，发表SCI论文8篇。在基因组学、生物信息学领域经过10多年的专业积累，精通高二代测序和基因芯片技术的应用及数据分析，在非编码RNA的功能、单细胞测序、大数据挖掘和机器学习算法等方向有丰富的项目经验。带领技术团队建立了单细胞测序技术平台，血浆、FFPE等临床样本的RNA测序技术平台，完善了伯豪科技服务的数据分析流程和SOP体系。在2017年正式成立伯豪机器学习实验室。在生物标志物领域，结合高通量筛选和机器学习算法，协助客户在JCO，The Lancet Oncology等期刊发表多篇学术论文。

报名方式

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说清单细胞技术系列|单细胞测序技术升阶应用-空间转录组

空间转录组（Spatial Transcriptomics）就是将基因的表达情况与关注的组织切片的免疫化学染**像进行整合，从而将组织内不同细胞的基因表达信息定位到组织的原始空间位置上去，进而直接观测组织中不同部位功能区基因表达的差异。空间转录组技术利用了常规的原位技术和组学技术两方面的优势。空间转录组研究涉及物种有人、小鼠、果蝇、秀丽隐杆线虫、斑马鱼、拟南芥、杨树和云杉等^[^1]。

表 1 10X官方已做过优化的样本类型

人组织类型			小鼠组织类型		大鼠组织类型
组织类型	疾病状态	切片厚度	组织类型	切片厚度	组织类型	切片厚度
大脑	恶性胶质瘤	10-25µm	眼睛	10µm	大脑	10-25µm
乳腺	健康	10µm	大肠	10µm	心脏	10µm
乳腺	浸润性导管癌	10µm	肝脏	10µm	肾脏	10µm
乳腺	浸润性小叶癌	10µm	肺	10µm	伯豪生物测试样本类型
心脏	健康	10µm	嗅球	10µm	伯豪生物测试样本类型
肾脏	健康	10µm	卵巢	10µm	大脑	10µm
肾脏	肾炎	10µm	四头肌	10µm	小脑	10µm
大肠	结肠癌	10µm	小肠	10µm	心脏	10µm
肺	乳头状癌	10µm	脾脏	10µm	肝脏	10µm
淋巴结	健康	10µm	胃	10µm	脾脏	10µm
淋巴结	发炎	10µm	睾丸	10µm	肾脏	10µm
脾脏	发炎	10µm	甲状腺	10µm	肺	10µm
卵巢	肿瘤	10µm	舌	10µm	…	…

技术原理

将冷冻组织切片放置在10X Genomics Visium芯片的捕获区域内，进行HE染色和成像后，对组织切片进行透化处理，细胞内的mRNA释放，从而被芯片上带有oligo-dT的探针捕获，并且每个探针都带有特异的置信息（Spatial barcode），然后以mRNA为模版进行cDNA合成，构建文库后再通过测序，获得基因表达信息的同时，每一条测序reads因带有Spatial barcode，从而能够获得基因表达的位置信息。

图 2 10X Genomics Visium空间转录组技术的原理

实验流程

图3 10X Genomic Visium实验流程

数据分析

空间转录组数据分析的核心是根据每个芯片上每个spot的基因表达信息进行聚类，然后将spot根据坐标位置序列放回到组织的图像上，同时可以对每个gene在组织上表达的空间位置进行定位。伯豪生物除了提供spot基因数和UMI数统计、切片spot聚类和聚类亚群marker基因分析等基础和高级分外，同时还提供个性化分析，如特定pathway功能富集分析等。

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图4 每个spot特异表达的基因数统计

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图5 聚类结果及切片spot位置分布展示

应用方向

空间转录组的应用方向包含了肿瘤学，免疫学，发育生物学，神经科学及病理学等各个方向。

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图6 空间转录组的应用方向

参考文献

[ 1]. https://www.spatialomics.org/SpatialDB/

[ 2]. Michaela Asp, Stefania Giacomello, et al. A Spatiotemporal Organ-Wide Gene Expression and Cell Atlas of the Developing Human Heart[J]. Cell, 2019, 179, 1647–1660.

常见问题

问题1. 关于讲义PPT：讲义PPT在哪里下载？

答：电脑登入易科学官网（www.yikexue.com)，进入公开课版块找到对应课程‘课件讲义’，完成报名后直接下载。

问题2. 关于回放：没来得及参加直播，可以看回放吗？

答：只要在开课前成功报名，即可不限次数观看回放。为了能够与讲师在线互动交流，建议您参加直播。

问题3.关于费用：本期公开课的收费是多少？

答：疫情期间，所有公开课全部免费，所有打赏红包全部捐赠给韩红基金会。